Những vụ ám sát bí ẩn xảy ra khắp thế giới, và kẻ tình nghi là một điệp viên có thể truy cập những tài liệu tuyệt mật. Ở Nhật Bản, một điệp viên đột nhập vào trụ sở cảnh sát, truy cập vào những tài liệu mật về cơ sở của điệp viên trong tổ chức Áo Đen từ nhiều cơ quan tình báo. Bị phát hiện và trốn thoát, tên điệp viên sau đó bị Rei Furuya phát hiện. Biệt đội thám tử của Conan tham gia điều tra vụ án liên quan đến Tổ Chức Áo đen.
