Mùa đầu tiên của Hakuouki Shinsengumi Kitan xoay quanh câu chuyện về một cô gái trẻ tên Chizuru Yukimura, người đi tìm cha mình ở Kyoto. Cô tình cờ gặp đội Shinsengumi, một nhóm samurai nổi tiếng, và bị họ bắt vì nghi ngờ là một cô gái giả mạo thành đàn ông. Đội trưởng Hijikata Toshizō và đội phó Okita Sōji đã giúp Chizuru và để bà tham gia đội với tư cách là một người phục vụ. Trong thời gian ở với Shinsengumi, Chizuru phải đối mặt với nhiều thử thách và khó khăn, đồng thời cũng phải chiến đấu với các thù địch khác nhau như phe chống đối và các妖 (yōkai) - những sinh vật siêu nhiên. Qua quá trình đó, Chizuru dần dần gắn bó với các thành viên trong đội và khám phá ra nhiều bí mật về quá khứ của mình.
