Snake Eyes: G.I. Joe Origins theo chân Snake Eyes, một chiến binh cô độc, sau khi được gia tộc Arashikage kết nạp vì đã cứu mạng người thừa kế của họ. Tại Nhật Bản, Arashikage dạy Snake Eyes kỹ năng ninja và mang lại cho anh một mái ấm. Nhưng khi những bí mật từ quá khứ của Snake Eyes được tiết lộ, anh phải đối mặt với những thử thách lớn nhất.
